方祖荫，中国清朝官员，本籍中国安徽。之前担任新竹知县期间颇有治绩的方祖荫于1891年（光绪17年）接替吴本杰，于台湾以通判身分超格代理担任台南府知府。管辖约今台湾南部之嘉义县、嘉义市、台南县、市全境及高雄县部份区域（建省前之台湾县区域）。1895年，台湾遭中国清朝割让予日本，台湾士绅筹组台湾民主国，他则担任基隆厅同知，调兵抵抗日军。不过因为广勇溃散，他退入台北。之后，则不知所踪。
► 5篇诗文
吾舅被祸时，兄犹归舅骨。吾兄更惨伤，遗骸荒草没。
碧血化青燐，千人共一窟。阵云蔽日光，荧惑蚀圆月。
草木失芳菲，阴崖阗霜雪。夜夜啸孤魂，关山悲难越。
生前骨肉恩，出门使永诀。岂无梦魂来，一为江上别。
惟应九泉下，甥舅同呜咽。
西州铭一恸，乃兄哭舅词。谁知哭舅处，翻见哭兄时。
宦海恶风波，况复遭乱离。功名殉五斗，身世弃涂泥。
高岗步猛虎，洪波拔蛟螭。由来瘴疠地，险恶盗所资。
当时覆大军，登城捲黄旗。人鬼号失声，呼天天罔知。
谁当临难日，为收绝命词。